A raíz de las investigaciones del caso La Línea, originó el caso conocido como Cooptación del Estado en el cual se evidenció la existencia de una estructura criminal que tenía cooptadas a varias instituciones claves del Estado. Dicha estructura estuvo liderada según la investigación de la CICIG entre 2012 y 2015 por el entonces presidente de la república, Otto Pérez Molina, y la entonces vicepresidenta, Roxana Baldetti, quiénes en ese período recibió una suma estimada de alrededor de 500 millones de quetzales por comisiones ilícitas derivadas de la adjudicación de 70 contratos en diversas instituciones del Estado.
La información recopilada en este caso permitió perfilar un complejo esquema que detallaba toda una maquinaria de lavado de activos meticulosamente diseñada para captar fondos durante la campaña electoral del Partido Patriota del año 2011, que llevó a la Presidencia de la República a Otto Pérez Molina y a la Vicepresidencia a Roxana Baldetti Elías.
Según la investigación esta actividad fue la consecuencia de una red político-económica ilícita (RPEI), que se habría diseñado durante la campaña del Partido Patriota, justo después de perder las elecciones del año 2007 y seguía funcionando durante el ejercicio de gobierno (2012-2015).
Entre las conclusiones de los investigadores de la Comisión figura que los casos de corrupción no eran actos aislados de corrupción, sino una estructura criminal mafiosa que había cooptado el poder por la vía de las urnas en Guatemala y cuyos principales dirigentes eran el Presidente y la Vicepresidenta. Este caso incluye entre otros delitos en su acusación: Financiamiento electoral ilícito, asociación ilícita, lavado de dinero y cohecho pasivo.
