El caso La Línea fue revelado en abril de 2015 y supuso la caída del Gobierno de Otto Pérez Molina. La investigación demostró existencia de una red criminal dedicada a la defraudación aduanera y a la evasión fiscal que funcionó desde finales de 2013 hasta que el caso salió a la luz.
Esta red estaba dirigida por el presidente de Guatemala, Otto Pérez Molina y tenía como segunda a la vicepresidenta Roxana Baldetti. Funcionaba en consenso con funcionarios de la SAT, de diferente nivel, dando la apariencia de legalidad para encubrir las actividades ilícitas que realizan de manera concertada, logrando hacer tributar por menor valor las importaciones que ingresan al territorio nacional al hacer ajustes fiscales ilícitos.
Esta investigación de la Comisión fue la primera en provocar masiva manifestaciones en contra de la administración del Partido Patriota y finalmente contribuiría a la renuncia del binomio presidencial acusado en múltiples casos de corrupción. También fue origen para otras casos como Aceros de Guatemala (Impunidad y defraudación), Traficantes de influencias y Bufetes de la impunidad, entre otros.
